L'épisode commence par Eko travaillant sur son église, tous muscles saillants. Il aperçoit Anna-Lucia en pleine forme sur la plage qui le questionne sur ce qu'il entreprend de faire. Il lui explique qu'il a reçu en rêve la mission de la bâtir, ce à quoi Anna-Lucia répond "un rêve comme celui-ci ?"... et soudainement Anna-Lucia change: on voit qu'elle est blessée, et elle informe Eko que Locke a besoin de son aide. Tout aussi soudainement des flashs rapides se succèdent pour emmener Eko dans le bunker du cygne, où l'attend son frère, vêtu en prêtre. L'ordinateur et le compte à rebours sont aussi là mais à la place des touches de l'ordinateur et des nombres du compte à rebours il y a des points d'interrogations. Après avoir fait taire Eko d'un signe alors que ce dernier lui demandait pardon, Yemi lui répète que Locke va avoir besoin de lui, que ce qui est accompli "ici" est crucial mais menacé et que rien ne doit le distraire de sa mission tout en tapant le code sur l'ordinateur. Tout se met à trembler et Yemi dit pour finir à son frère d'emporter sa hache.
Eko se réveille alors en sursaut en serrant la croix de son frère pendue à son cou. Charlie qui dormait à coté de lui, lui demande si tout va bien, il lui rétorque alors, après s'être saisi d'une hache "Je dois retrouver John"

Sur l'île, pendant ce temps Jack, Kate, Sawyer et Locke reviennent au bunker où ils trouvent Michael, expliquant que pendant son sommeil le prisonnier s'est enfui et lui a tiré dessus. Allant constater les dégâts, la bande découvre le corps sans vie d'Anna-Lucia et Libby étendue par terre. Tandis que Sawyer est penché au dessus de Libby, celle ci lui crache au visage du sang dans un sursaut, révélant qu'elle est toujours en vie, sous le regard ahuri de Michael.

Eko arrive au bunker, découvrant le massacre et s'occupe du corps d'Anna Lucia pendant que Jack et Kate tentent tant bien que mal de s'occuper de Libby en état de choc. La colère de Jack le pousse à vouloir poursuivre l'évadé, mais Eko propose de s'en occuper, avec l'aide de Locke, doué pour suivre un homme à la trace.

FLASHBACK
Dans une église Eko écoute la confession d'un homme qui finalement s'avère être un faussaire à qui il a commandité des papiers pour son voyage aux USA. Le supérieur de l'église arrive mettant fin à leur discussion, et annonce à Eko que son départ devra être retardé, le priant de le suivre. Il lui présente alors une femme qui prétend avoir vécu un miracle : sa fille noyée serait revenue à la vie. Eko seul à nouveau avec le père lui demande de ne pas lui donner la charge de cette enquête car il ne croit pas la mère, mais le père supérieur lui explique que c'est pour cette raison que c'est à lui qu'il confie l'enquête. FIN DU FLASHBACK.

Eko et Locke dans la nuit ont du mal à s'entendre, n'ayant pas de piste à suivre et ne voulant pas répondre à Eko au sujet du point d'interrogation, Locke préfère rentrer. Eko l'assomme alors en lui donnant un coup de tête. Étrangement à son réveil les voilà encore en désaccord, mais Locke finit par céder et lui donne le croquis qu'il avait fait du plan sur le mur dans le bunker. Décidant de suivre le plan pour se rendre au point d'interrogation sur la "carte", Eko convainc John de le suivre en lui expliquant qu'il obéit à un rêve où était apparut Anna-Lucia.

FLASHBACK
Eko en bon enquêteur est allé voir le médecin qui a découvert le "retour à la vie" de la jeune fille soit disant miraculée. L'homme lui explique que la fille s'est réveillée pendant l'autopsie, apportant comme preuve l'enregistrement audio plutôt convainquant, déroutant et surtout très bruyant. FIN DU FLASHBACK.

Le périple de Locke et Eko les mène finalement au petit bimoteur découvert bien avant. Locke lui explique alors que c'est Boone qui a fait chuter l'avion, que c'était un sacrifice exigé par l'île mais Eko y prête peu d'attention. Il lui dit qu'ils vont camper ici en attendant de nouvelles instructions.

Pendant ce temps Michael, inquiet, demande à Jack si Libby a dis quelquechose et Jack lui annonce qu'elle est toujours inconsciente et qu'il ne peut que soulager sa douleur mais qu'il n'a pas de quoi le faire, obligeant ainsi Sawyer à aller à sa planque récupérer l'héroïne accompagné de Kate. Sawyer montre alors à Kate que c'était sous sa tente qu'il cachait sa réserve, et retournent ensuite au bunker. En chemin ils croisent Hurley qui cherchait après Libby. Kate lui explique alors ce qu'il s'est passé plus tôt dans le bunker.

Eko aperçoit à nouveau son frère qui le demande de le suivre. Il le suit lorsqu'il escalade la falaise, arrivé en haut son frère est en fauteuil roulant et lui dit "Réveillez vous John". Eko tombe alors de la falaise quand soudain John Locke se réveille, comprenant que la scène d'avant était un rêve dans lequel il incarnait Eko.
Le véritable soutire à John l'histoire de son rêve impliquant Yemi, et comprend qu'il va devoir escalader la falaise pour de vrai, devant un John ennuyé de risquer la vie de quelqu'un encore une fois au même endroit.

FLASHBACK
Eko poursuivant son enquête se rend cette fois au domicile de la jeune fille miraculée, et tandis que la mère lui demande de partir car il n'arrive pas au bon moment, le père de famille sort de la maison pour s'entretenir seul à seul avec Eko... et là on voit qu'il s'agit du médium que Claire avait rencontré et qui l'avait convaincu de prendre le vol 815. Il avoue alors à Eko être un imposteur, qui se sert des informations recueillies sur les gens pour leur faire croire qu'il est voyant, et que c'est pour cela que sa femme a inventé cette histoire de miracle, pour le mettre à mal. Il donne alors sa théorie sur l'incident avec sa fille, qui était en fait en hypothermie après avoir chuté dans une rivière de montagne et que le médecin a mal fait son travail en tentant de pratiquer l'autopsie sur sa fille encore vivante. Pour lui les miracles sont espérés mais n'existent pas.
Eko semble soulagé et lui dit qu'il informera le père supérieur qu'aucun miracle n'a donc eu lieu, que l'enquête est donc terminée. Eko s'éloigne tandis que la "jeune miraculée" l'observe derrière sa fenêtre. FIN DU FLASHBACK.

Après avoir tant bien que mal réussi l'escalade qui avait été fatale à Boone (et c'est là qu'il se sert donc de la fameuse hache que son frère lui avait demandé d'emporter), Eko aperçoit que d'en haut l'avion forme le point du point d'interrogation tant cherché, des marques dans la jungle formant le reste de ce non-mystérieux dorénavant "?".
Eko explique que du sel a été utilisé pour laisser la terre vierge à certains endroits dessinant maintenant le point d'interrogation mais servant à ceux qui ont fait ca bien avant de le repèrer depuis le ciel. Sous l'avion qu'ils déplacent légèrement par la force de leurs bras, ils découvrent une trappe similaire à celle du bunker du Cygne. Ils l'ouvrent et y descendent...

Hurley a rejoint le lieu du crime, et tandis que l'état de Libby empire il culpabilise d'avoir oublié les fameuses couvertures. Michael mal à l'aise en voyant le chagrin de son compagnon ne se sent guère mieux quand Hurley lui dit qu'il est heureux que parmi cette tuerie Michael ait survécu.

Au fond du nouvel abri, Locke et Eko y découvrent le matériel entreposé, des écrans vidéos, une imprimante et un autre ordinateur qui leur propose d'imprimer les données. Locke tape oui et dès lors la machine sort une suite de chiffres correspondant à des dates suivis la mention "accepté". Pendant ce temps, Eko découvre une pile de cahiers vierges Dharma ainsi qu'une nouvelle vidéo "Orientation", ils décident alors de la regarder.
Sur un des écrans on peut voir l'image du bunker du cygne, avec Jack qui y apparait car il y est justement. Parmi ce foutoir Eko trouve alors une cassette qui leur est familière: "ORIENTATION". Voici ce que dit le même professeur que dans la vidéo du cygne, qui se présente ici comme professeur Mark Winckmund, dans cette vidéo de la station 5 "la perle":

Bonjour. Je suis le Dr Mark Wickmund,
Vous regardez le film d'orientation pour la Station 5 du projet Dharma.
La Station 5, surnommée La Perle, est une station de contrôle où les activités des participants aux différents pôles de notre projet de seront observées et répertoriées, non seulement pour la postérité, mais aussi dans le but d'améliorer le projet dans sa globalité.
Comme disait Karen DeGroot, l'observation attentive est la cléde la vraie conscience.
Vous resterez trois semaines dans cette station. Durant cette période, vous serez témoins d'une expérience psychologique.
Votre tâche consiste à observer une autre station sur l'île (sur un des écrans ils apercoivent Jack se deplaçant à l'interieur de la station du Cygne)
Les participants ignorent qu'ils sont surveillés et qu'ils sont le sujet d'une expérience.
À tour de rôle, toutes les huit heures, vous et votre coéquipier noterez toutes vos observations sur les cahiers fournis.
Quelle est la nature de cette expérience ? Que pensent accomplir ces participants en s'exténuant à leur tâche ?
En tant qu'observateur, ne vous en inquiétez pas. Vous devez savoir qu'ils croient que leur tâche est de la plus haute importance.
Souvenez-vous. Tout ce qui se déroule, même si ça vous paraît infime et sans importance, doit être inscrit.
Dès qu'un cahier est rempli avec le fruit de votre observation minutieuse, enroulez-le et placez-le dans un de ces récipients.
Placez ensuite ce récipient dans le tube à air comprimé, et il nous parviendra directement.
À la fin de votre tour de garde, retournez au Ferry Pala, qui vous ramènera aux baraquements ou vous pourrez vous reposer.
Au nom des Docteurs DeGroot, d'Alvar Hanso, et de toute l'équipe du projet Dharma, merci, namaste.
Et bonne chance.

A la fin du visionnage Eko propose à Locke de la visionner à nouveau, mais celui-ci refuse, disant qu'il en a assez vu.
Eko prend alors dans son sac quelques documents de la station provoquant la colère de John, car il lui dit que c'est documents ne sont pas importants comme il le prétend. Eko lui explique alors qu'il continue à croire que leur travail à la station du Cygne est important, et qu'ils ne le font pas car on leur a demandé dans un film mais parce qu'ils se croient destinés à accomplir cette tâche. Locke s'énerve de plus belle et s'exclame qu'il n'a jamais été destiné à rien de toute sa petite vie minable.

FLASHBACK
Eko est à l'aéroport pour prendre son avion. C'est alors que vient à lui la jeune fille "miraculée", seule cette fois-ci et contre la volonté de son père. Elle lui explique que lorsqu'elle était entre deux mondes qu'elle a vu son frère Yemi qui lui a confié qu'Eko faisait un bon prêtre et qu'ils se verraient bientôt. Eko se met alors en colère qu'elle évoque ainsi son frère, mais une passante le calme en demandant si tout va bien : il s'agit de Libby! Puis au final la jeune fille s'en va en lui transmettant aussi que son frère a dit de lui dire qu'il était un homme bien, qu'il croit en lui et qu'un jour il la croira. FIN DU FLASHBACK.

Dans le nouveau bunker Eko explique à Locke l'histoire de son frère, dont il a retrouvé le cadavre sur cette île, juste au dessus de la trappe, après l'avoir trahis il y a longtemps. Il y a retrouvé la croix sur son cou pour le remettre au sien, là où elle était la première fois qu'il a tué un homme. Tout ceci est une preuve pour lui que le travail sur l'île est important, et il finit par annoncer à John que s’il ne veut plus appuyer sur le bouton alors lui même s'en chargera.

Dans l'abri du cygne Hurley vient faire ses adieux à Libby, il lui demande en larmes de le pardonner pour avoir oublié les couvertures. Libby dans un dernier souffle essaye de les prévenir en disant "Michael", mais Jack et Hurley bien entendu ne saisissent cet appel au secours et la rassure en lui disant qu'il va bien et qu'il s'en ait sorti. C'est ainsi que meurt Libby dans le chagrin pour tous, et la peur et l'incompréhension pour elle.
Tandis que Locke et Eko sont en route pour rejoindre le bunker, Michael reste seul dans ses pensées, tandis que le compte à rebours de l'ordinateur commence a retentir.

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